A本專案之審核機制分為構想書審查、計畫書審查兩階段審查作業。
1.構想書審查：由本署邀集各領域之專家學者組成審查小組針對各專案就其主題符合度、新穎性或突破性、未來整治改善之工作可行性以及歷年執行績效等面向進行審查。
2.計畫書審查：須由計畫主持人進行10分鐘簡報，針對研究構想與目的、方法步驟、預期目標與效益績效、預期進度與工作項目、團隊執行能力及已獲研究成果、以及經費編列等重點項目說明，再進行15分鐘的詢答，審查委員將依主持人及團隊的專案執行能力、歷年表現、專案價值與意義、專案可行性等項目進行審查，並就各項經費配置之合理性提出相關建議。